รบกวนสอบถามข้อมูลเที่ยว "ญี่ปุ่น" ค่ะ

สวัสดีค่ะ วันนี้เผิงจี๋จะมาขอรบกวนเพื่อนๆ ห้อง BluePlanet ช่วยแนะนำเรื่องเที่ยวในประเทศญี่ปุ่นค่ะ ไปกันเอง 2 คน ไปครั้งแรกด้วย มีข้อมูลบางอย่างที่ยังเข้าใจไม่แจ่มแจ้งค่ะ พูดง่ายๆว่า "งง" จนบางครั้งก็ "เอ๋อ" ไปเลยค่ะ

วางแผนการเดินทางคร่าวๆ ไว้แล้วตามนี้เลยค่ะ
Day 1:Saturday 24 November 2012
Tokyo เดินเล่นแถวๆ Asakusa
Stay at Dormy Inn Asakusa

Day 2-3: Sunday 25-Monday 26 November 2012
Nikko
Stay at Rindou-no-ie

Day 4: Tuesday 27 November 2012
Nikko Edo Wonderland - Kawaguchiko
Stay at Kawaguchiko station inn

Day 5: Wednesday 28 November 2012
Kawaguchiko
Stay at Kawaguchiko Station inn

Day 6: Thursday 29 November 2012 [JR-1]
Matsumoto-Takayama
Stay at J-Hoppers Hida Takayama Guest House

Day 7: Friday 30 November 2012 [JR-2]
Shirakawa-go
Stay at Shin-osaka station hotel honkan

Day 8: Saturday 1 December 2012 [JR-3]
Kobe
Stay at Shin-osaka station hotel honkan

Day 9: Sunday 2 December 2012 [JR-4]
Hiroshima
Stay at Shin-osaka station hotel honkan

Day 10: Monday 3 December 2012 [JR-5]
Nara
Stay at Costa Del Sol

Day 11: Tuesday 4 December 2012 [JR-6]
Kyoto
Stay at Costa Del Sol

Day 12: Wednesday 5 December 2012 [JR-7]
Kyoto
Stay at Toyoko Inn Yokohama Stadium-mae Honkan

Day 13: Thursday 6 December 2012
Yokohama – Kamakura
Stay at Kimi Ryokan

Day 14: Friday 7 December 2012
Doraemon Museum (KANAGAWA) - Miraikan - Tokyo Sky Tree
Stay at Kimi Ryokan

Day 15-16: Friday 8 - Sunday 9 December 2012
Tokyo
Stay at Kimi Ryokan

สงสัยขอถามค่ะ
1.ปกติจะหาข้อมูลการเดินทางจาก Hyperdia สงสัยค่ะว่านอกเหนือจากรถไฟขบวนที่ขึ้นต้นด้วย "JR" กับ "Shinkansen" (ยกเว้น NOZUMI) แล้วเราจะรู้ได้ยังไงคะว่ารถไฟอันไหนที่ถือบัตร JR-pass ขึ้นไม่ได้
2.อยากขึ้นไปเที่ยวที่ Tokyo sky tree ค่ะ แต่สงสัยว่าต้องจองตั๋วในเว็บไปก่อนหรือเปล่าถึงจะมีสิทธิซื้อตั๋วขึ้นไป หรือว่าซื้อตั๋วในเว็บแล้วโชว์ตั๋วแล้วเดินขึ้นได้เลยไม่ต้องเข้าคิว เว็บขายตั๋วก็เป็นภาษาญี่ปุ่นอ่านออกแต่ตัวเลขค่ะ (-_-")
3.วันที่ 6 -12 ของการเดินทางใช้ JR pass อยู่แล้วค่ะ ถ้าเที่ยวใน KYOTO การให้บริการของ JR ครอบคลุมสถานที่ท่องเที่ยวทั้งหมดมั้ยคะ หรือว่าต้องซื้อพาสเพิ่ม
4.เที่ยวใน TOKYO ซื้อเป็น Day pass ของอะไรถึงจะครอบคลุมการเดินทาง+สถานที่ท่องเที่ยวมากที่สุดคะ

ขอความกรุณาเพื่อนๆ ห้อง BluePlanet ช่วยตอบให้ด้วยนะคะ ตื่นเต้นมาก ใจเต้นไม่เป็นจังหวะ อ่าน+หาข้อมูลจนเบลอไปแล้ว แฮ่ๆ

ขอบคุณ(ล่วงหน้า)สำหรับทุกๆ คำตอบนะคะ